神兽是玩家追求的重要目标之一，其捕捉难度较高且分布位置固定。通关后，玩家可捕捉裂空座、海皇牙、古拉顿等传说宝可梦。裂空座位于131号水道的天柱顶层，需使用风马自行车以3级速度通过裂缝区域，建议携带大师球或催眠类技能控制其血量。海皇牙和古拉顿需在通关后前往天气研究所二楼，根据科学家提示的异常地点寻找对应洞穴，海皇牙位于大海洞窟，古拉顿则藏身于陆地洞窟，两者等级均为70级。
三神柱（岩神柱、冰神柱、钢神柱）的捕捉需完成特定解谜。岩神柱位于111号道路的沙漠遗迹，需从石板前向右走2格、向下走2格后使用怪力技能开启机关。冰神柱在105号水路的十字洞，调查石板后原地等待2分钟触发机关。钢神柱则需在120号道路的古代墓穴中央使用闪光术。三神柱等级在40-50级之间，建议提前准备具备催眠或束缚技能的宝可梦以提高捕获率。
其他神兽如急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟分别位于流星瀑布最里层、新银叶发电厂内部及道利洞一层，等级均为50级。梦幻和雪拉比属于稀有遭遇型神兽，梦幻在流星瀑布最里层空地（30级），雪拉比则需在119号道路的深草区反复探索，等级仅为5级但出现概率极低。红蓝水都（拉帝亚斯与拉帝欧斯）在通关后通过电视报道触发随机遭遇，106号与107号水道为高概率出现区域。
捕捉神兽的通用技巧包括削弱其血量至红色状态、施加睡眠或麻痹异常状态，以及使用超力怪兽球或计时球。部分神兽如裂空座和三神柱需依赖特定交通工具或技能（如冲浪、闪光）才能抵达其所在地。建议在挑战前存档以避免因失误导致神兽逃跑或战斗失败。
完成神兽收集后，玩家可进一步挑战对战开拓区或参与副本活动。绿宝石版本的神兽机制设计强调探索与解谜结合，需玩家综合运用地图情报、道具及战斗策略。
